医院设有呼吸内科、消化内科、神经内科、心血管内一科、心血管内二科、心血管内三科、血液科、肾内科、血液净化科、内分泌科、风湿免疫科、干部特诊一科、干部特诊二科、基本外科、肝胆外科、胃肠外科、神经外科、骨一科、骨二科、泌尿外科、胸外科、心血管外一科、心血管外二科、整形烧伤科、妇产科、儿科、儿外科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、肿瘤内科、肿瘤外科、急救中心、中医科、康复科、重症医学二科、重症医学三科、重症医学四科、重症医学五科、麻醉一科、麻醉二科、麻醉三科、介入、放射科、预防保健科、临终关怀科（宁养院）、营养门诊、检验科、输血科、病理科、放射科、超声科、心电诊断科、消化内镜中心、核医学科、药学部、特需服务中心、中心实验室等临床科室和医技科室。
一、国家临床重点建设专科：心脏大血管外科、重症医学科、急诊医学科、中医全科医学、专科护理。
二、福建省临床重点建设专科：心血管内科、呼吸内科、内分泌科、耳鼻喉科、眼科。
三、福建省特色专科：糖尿病科。
一、优势病种：先天性心脏病、联脑干肿瘤、肺部感染、肺癌、呼吸危重症、肺间质疾病、肺血管疾病、糖尿病、妇科肿瘤、宫颈癌、食管癌、胰头部癌、壶腹癌、胆总管下段癌、壶腹周围的十二指肠癌、口腔颌面部恶性肿瘤、腹股沟疝（斜疝、直疝、股疝）、虫牙、牙列缺损、胆结石、肝癌伴静脉或胆道癌、肝门部胆管癌、白内障、青光眼、视网膜病、斜视。
二、优势技术：二次心脏瓣膜手术、冠脉介入手术、联脑干肿瘤切除术、合肺叶切除术、血液透析、腹腔镜下宫颈癌根治术、食管癌根治术、腹腔镜胰十二指肠切除术、腹腔镜保留十二指肠胰头切除术、腹腔镜胰中段切除、腹腔镜胰体尾癌根治术、功能性颈淋巴结清扫术、微切口白内障超声乳化手术、人造网片填充式无张力疝修补术、热牙胶根充术、腹腔镜手术取石、肝癌伴静脉或胆道癌栓切除、肝门部胆管癌根治性切除术。
